हिंदू पौराणिक कथाओं के अनुसार, चित्रगुप्त को भगवान ब्रह्मा, सृष्टिकर्ता देवता, ने यमराज की सहायता के लिए बनाया था। एक प्रसिद्ध कथा के अनुसार, भगवान ब्रह्मा ने चित्रगुप्त को अपने मन से उत्पन्न किया, जिससे वह “मनसपुत्र” (मन से उत्पन्न पुत्र) कहलाए। एक अन्य संस्करण में कहा गया है कि चित्रगुप्त ब्रह्मा के शरीर से प्रकट हुए, जो उनके दिव्य व्यवस्था में महत्वपूर्ण भूमिका का प्रतीक है। एक बार यमराज ब्रह्मदेव के पास गए और शिकायत की कि जीवों के कर्मों का हिसाब रखना और उनके भाग्य का निर्णय लेना उनके लिए कठिन हो रहा है। उन्होंने कहा कि पृथ्वी पर हर एक जीव के कर्मों का हिसाब रखना कठिन था। ब्रह्मा गहरे ध्यान में गए और जल्द ही चित्रगुप्त उनके शरीर से अचानक प्रकट हुए, उनके हाथ में एक दवात और कलम थी। चूँकि वह ब्रह्मदेव के शरीर में अदृश्य रूप से मौजूद थे, ब्रह्मा ने उनका नाम चित्रगुप्त रखा। इसके अलावा, क्योंकि चित्रगुप्त ब्रह्मा के शरीर (काया) से उत्पन्न हुए थे, ब्रह्मा ने उन्हें कायस्थ भी कहा। यमराज ने फिर चित्रगुप्त को पृथ्वी पर सभी जीवों के कर्मों के लेखा-जोखा रखने वाले या लेखाकार के रूप में स्थापित किया।
अपने जीवन के उत्तरार्ध में, उन्होंने इरावती शोभावती और दक्षिणा नंदिनी से विवाह किया। दक्षिणा से उनके 4 पुत्र हुए जिनका नाम वाल्मीकि, आस्थाना, श्रीवास्तव और सूर्यद्वजा था। शोभावती से उनके 8 पुत्र हुए जिनका नाम माथुर, गौर, निगम, कुलश्रेष्ठ, भटनागर, अम्बस्था, सक्सेना और कर्ण था। उनके ये 12 पुत्र चित्रगुप्तवंशी कायस्थों की 12 उप-शाखाओं के पूर्वज बने।